A ultrassonografia morfológica do segundo trimestre representa o marco principal do rastreamento e diagnóstico das anomalias congênitas e deve ser realizada para todas as gestantes mesmo que não tenha qualquer fator de risco identificado na história clínica. Este procedimento deve ser realizado preferencialmente entre 20 e 24 semanas de gestação. Tem como objetivo a avaliação detalhada da anatomia e desenvolvimento fetal e a identificação de sinais ultrassonográficos (marcadores) relacionados a risco de doenças cromossômicas e gênicas.
Juntamente com a ultrassonografia do segundo trimestre é recomendado a realização da ultrassonografia transvaginal para medida do colo uterino e outros parâmetros, para estimativa de risco de parto prematuro. Da mesma maneira recomenda-se a realização da dopplervelocimetria das artérias uterinas para avaliação das condições da interface materno-fetal.